云南省中医医院肿瘤科是我院与上海中医药大学附属龙华医院协作建立的集医疗、教学、科研为一体，以中医、中西医结合诊治肿瘤为特色的国家中医药管理局重点中医专科、云南省重点中医专科。2005年2月，经上海中医药大学、云南省卫生厅联合检查验收达标，云南省卫生厅授予“云南省重点中医专科”称号，2006年被云南省卫生厅批准为“云南省中医名科”，2011年7月国家中医药管理局批准为国家“十一五”重点中医专科。是云南省中医药学会肿瘤专业委员会、云南省中西医结合学会肿瘤专业委员会、云南省医师协会中西医结合肿瘤医师分会主任委员单位，在全省享有较高的知名度。
云南省中医医院肿瘤科(光华院区)于1997年2月创建，经历近20年发展，形成了一个实力雄厚、设备先进、人才济济的科室。肿瘤科人才梯队结构合理，现由李艺副主任医师(副教授)、吴继萍主任医师(教授)为学科带头人，李斯文教授为学术指导，返聘知名肿瘤专家马惠兰主任医师参与技术指导。全科现有联合培养博士生导师1人，硕士生导师5人;主任医师、教授5人，副主任医师、副教授3人，主治医师、住院医师9人;其中博士2人，硕士9人;主管护师、护师、护士22人。光华院区(昆明市光华街)设星级标准病床52张。
目前科室发展势头强劲，已在滇池院区开创成立63张病床的肿瘤科2病区(华晨路)，为一院二址建设方式，其专家团队能够为患者提供全方位丰富的临床诊疗服务、肿瘤康复等，其医疗、教学、科研、管理综合服务水平高。
在学科带头人李艺科主任、吴继萍科副主任的带领下，肿瘤科科坚持“以中医特色为主、搭借西医现代诊疗技术”的中西诊疗方针，根据肿瘤科几代肿瘤人的学术思想及临床经验创建了独特的中医及中西肿瘤诊疗体系。在医疗上以凸显中医药优势，突出中医“扶正抑癌、辩证施治”的特色，发挥中医、中西医结合优势。开展中药抗癌针剂静滴、中药口服、中药外敷、中药肛滴、药物瘤体注射、穴位注射、艾灸、耳穴压迫等传统中医药和民族药治疗方法;配合生物治疗、化疗、放疗、靶向治疗诊治恶性肿瘤，增强了化疗、放疗的疗效，减轻了放化疗的毒副反应，达到“增效减毒”的作用，明显提高了肿瘤患者的治愈率、缓解率，改善了肿瘤患者的生存质量，延长了生存期。
2005年引进了W2102型多功能热疗机，为中西医结合治疗肿瘤增加了新的手段;2008年开始，肿瘤科作为肺癌、肠癌、乳腺癌全国协作组成员单位参加中医诊疗方案研究，并担任全国协作组肠癌组的副组长单位参与主持中医诊疗方案研究;2010年肿瘤科重点病种肺癌纳入云南省中医临床研究基地的研究范围;2013年作为牵头单位主持制修订了大肠癌中医诊疗指南;2013年引进了肿瘤射频消融治疗系统，2014年引进了毫米波治疗系统，为中西医结合治疗肿瘤增加了新的手段，使肿瘤科的诊疗技术水平跃上一个新的台阶。多年来肿瘤科在治疗肺癌、胃癌、肠癌、肝癌、乳腺癌、前列腺癌、脑瘤、卵巢癌、膀胱癌、鼻咽癌、淋巴瘤等疾病积累了丰富的临床经验，同时开展了终末期肿瘤患者的临终关怀治疗，取得了良好的社会效益，得到了社会广泛认可和患者及家属的赞誉。多次荣获云南中医学院、云南省中医医院“先进科室”称号。
肿瘤科先后完成国家中医药管理局科研课题一项，云南省级科研课题、厅级科研课题及院内课题多项，两次获得“省卫生科技进步三等奖”，参与国家重点基础研究发展计划(973计划)“基于恶性肿瘤辩证论治的量表评价方法的基础理论研究”，主持或参与国家新药临床研究多项。获省级科研奖励2项。发表论文300余篇，出版专著10余部。培养国内外硕士研究生40余名。研制了肿瘤的治疗及辅助治疗药七种制剂(内服药嘿良冲剂、复方红藤颗粒、滇金康;外用药克痛散、口溃散、封包Ⅰ号、热奄包Ⅰ号)。